発酵が終わったら、瓶詰めの工程です。瓶詰めされたビールは、瓶の中で新たに発酵してビールに必要な二酸化炭素を発生します。発酵容器でアルコールの生成を目的とする発酵を１次発酵、瓶の中で二酸化炭素の発生を目的とする発酵を２次発酵と言います。１次発酵では発生した二酸化炭素はエアロックを通して放出されましたが、瓶内発酵ではボトル内に二酸化炭素を閉じ込めることにより、ビールに炭酸を溶け込ませます。こうすることでビールの炭酸が生まれるのですね。

1. ボトリング容器、ボトル、王冠を用意し、洗浄・消毒する。
2. ビール瓶は、消毒後はよく乾燥させておきます。
3. 120ｇのコーンシュガーと水500mlで砂糖水を作り、５分間沸騰させた後、氷水などを使って鍋ごと冷やす。砂糖水の温度は、発酵の終わったビールと同じくらいの温度にしておきます。
4. 発酵容器とは別の、きれいに消毒したボトリング容器を用意し、冷ました砂糖水を入れる。
5. 砂糖水の入ったボトリング容器に、サイフォンを使って発酵容器からビールをゆっくり移します。
6. ボトリング容器の砂糖水とビールをよく混ぜる。
7. ビールを瓶詰めします。ボトルに入れるビールの量は、ボトルの口から３㎝ほど空けておきます。
8. ボトルのキャップをキャッパーなどで栓をする。

サイフォンを使ってビールを移す時は、発酵容器の底に沈んでいるイーストケーキやトルゥーブがなるべく入らないようにしましょう。このイーストケーキは捨てずに、次のバッチで利用できます（イーストの再利用）。また、２次発酵に必要なイーストは、ビール内に含まれているので心配ありません。 ボトルに入れるビールの量ですが、ビールが多すぎると二酸化炭素が溜まりづらく、少なすぎると炭酸が多くなりすぎて瓶が破裂する恐れがあります。ボトル詰めが終わったら、日のあたらないところに常温で2週間ほ貯蔵すれば、ついにビールが完成です。